Black Cat sendiri bercerita tentang sweeper bernama Train Heartnet yang berpasangan dengan Sven, rekannya yang bergaya gentleman. Dulunya, Train adalah eraser Chronos yang ditakuti karena kemampuannya dan dikenali dengan tato angka 13 romawi di pistol dan lehernya. Ditengah cerita mereka akhirnya kembali bentrok dengan Chronos Number dan Creed, mantan rekannya di Chronos Number. Mereka juga akan bertemu teman-teman baru ditengah perjalanan mereka sebagai sweeper. Train dkk sendiri memposisikan diri mereka sebagai orang netral, dan tidak memihak Creed maupun Numbers. Creed sendiri memiliki ketertarikan yang sangat besar, dan cenderung obsesif terhadap Train. Train sangat membencinya karena dulu Creed pernah membunuh Saya Minatsuki, satu-satunya orang yang dekat dan menyayangi Train.
Karakter
* Train Heartnet
Train dulunya adalah salah satu dari anggota "Chrono Numbers", suatu kumpulan pembunuh yang bekerja untuk organisasi yang bernama "Chronos". Dia termasuk top level di antara numbers itu sendiri dan dijuluki "Black Cat" karena dia selalu membunuh targetnya. Di dada kirinya, ada tato angka 13 Romawi. Sebelum membunuh targetnya, dia biasa berkata, "aku datang, untuk memberi kesialan". Setelah perkenalannya dengan Minatsuki Saya, sifat Train yang pendiam dan dingin berangsur-angsur menghilang. Setelah Saya dibunuh oleh Creed, dia memutuskan untuk berhenti dari Numbers dan menjadi sweeper seperti Saya. Dia lalu bertemu dengan Sven, seorang sweeper senior dan menjadi rekannya. Dia lalu bertemu teman-temannya yang lain seperti Eve, seorang gadis muda yang mempunya nanomachines dalam tubuhnya, Rinslet, seorang mata-mata dan pencuri, dan sebagainya. Senjatanya ialah pistol ornamental yang terbuat dari bahan Orihalcon dan bernama Hades.
* Sven Vollfied
Sven adalah seorang sweeper yang selalu berhutang karena sulit mendapatkan "mangsa". Secara tak sengaja dia menemukan Train yang terluka karena bertarung dengan Creed dan Sephiria. Dia lalu mengajaknya menjadi sweeper bersama-sama dirinya. Eve sangat perhatian padanya, karena dia memperlakukan Eve seperti anaknya. Dia menggunakan sebuah koper berisi banyak senjata dan jebakan untuk menangkap buruannya. Dulunya dia adalah agen IBI ( International Bureau of Investigations ). Dia mempunyai rekan yang memiliki mata yang bisa melihat beberapa detik ke masa depan. Karena suatu hal, rekannya mati dan memberikan sebelah matanya kepada Sven.
* Eve
Eve adalah seorang anak kecil berumur belasan yang ditanamkan nanomachine dalam tubuhnya, untuk menjadi senjata biologis bagi seorang jutawan. Train dan Sven mendapat bayaran dari Rinslet untuk "menyelamatkan" Eve. Eve akhirnya mengikuti rombongan Train dan sangat dekat dengan Sven. Dia sangat haus perhatian pada Sven dan menganggap Sven sebagai ayahnya. Dia juga sangat senang membaca. Semua buku yang dibacanya bisa dihapal semua isinya oleh Eve. Sebagai prajurit dia juga sangat kuat. Nanomachine dalam tubuhnya membuatnya bisa memanipulasi fungsi dan bentuk bagian-bagian tubuhnya. Dia sempat bertarung dengan anggota Utusan Bintang bernama Leon Elliot dan setelah itu malah berteman cukup dekat. Model asli dari Eve adalah Tearju, seorang ilmuwan jenius yang menciptakan Eve.
* Saya Minatsuki
Saya adalah seorang sweeper sekaligus teman dekat Train sebelum Train bertemu Sven. Saya adalah orang yang paling berarti untuk Train, karena dialah yang akhirnya menyadarkan Train untuk menjadi dirinya sendiri. Menurut cerita di anime, Saya meninggal saat sedang menunggu Train di dermaga untuk menonton kembang api. Sedangkan dalam versi manga, ia meninggal di tempat festival karena dikejar-kejar Creed. Dia mengatakan pada Train untuk melupakannya saja agar Train tidak hidup di masa lalu. Namun sepertinya Train menyukai Saya. Saya sangat menyukai susu. Dia selalu minum susu. Kebiasaan ini juga sama dengan Train.
* Rinslet Walker
Rinslet adalah seorang mata-mata dan pencuri yang sering disewa oleh Chronos. Dia adalah orang yang menyewa Sven dan Train untuk mencari Eve. Akhirnya dia sering terseret masalah bersama kelompok Train. Dia menyukai harta karun dan Eve. Dia sering memakaikan baju yang imut-imut kepada Eve. Dalam anime, dia disewa untuk mencuri data dan bom dari utusan bintang. Dia seringkali mendapat bantuan cuma-cuma dari Train dan Sven hanya dengan senyumannya. Dia dekat dengan Jenos, no.7 dari Chronos Numbers.